Die Geschichte beginnt mit dem beliebten Online-Spiel Yggdrasil, das eines Tages im Jahr 2138 abgeschaltet werden soll. Momonga, der Protagonist, will sich jedoch nicht ausloggen. Daraufhin wird Momonga in einen mächtigen Skelett-Magier verwandelt. Die Welt von Yggdrasil verändert sich daraufhin, sodass NPCs plötzlich Emotionen und ein eigenes Bewusstsein bekommen.

Ohne Eltern, Freunde oder einen Platz in der Gesellschaft versucht dieser junge Mann, die neue Welt zu erobern, die aus dem Spiel Yggdrasil entstanden ist.

»Isekai«-Anime – Anime, deren Hauptcharaktere aus der normalen Welt in eine Fantasy-Welt transportiert werden – sind mittlerweile so verbreitet, dass man »Isekai« schon als ein eigenes Setting ansehen kann. Ihre Protagonisten gehören zu den bekanntesten Charakteren der Anime-Szene und ihre Abenteuer reichen von legendären Eroberungszügen wie in Overlord oder Saga of Tanya the Evil bis hin zu herzlich bescheuerten alltäglichen Quests, die keinem größerem Ziel zu dienen scheinen wie in KonoSuba! Jede dieser »Isekais« folgt dabei ihren eigenen Regeln, doch was, wenn plötzlich mehrere dieser »anderen Welten« aufeinander treffen?

Genau darum geht es in Isekai Quartet: ein Cross-over-Anime, in dem die Charaktere aus Overlord, Saga of Tanya the Evil, KonoSuba und Re:Zero in einen Topf geworfen werden!

Nach dem Tod seines Großvaters erbt Hugh Anthony Disward dessen altes Anwesen samt seiner Bibliothek. Im Keller des Hauses trifft er auf ein mysteriöses Mädchen mit dem Namen Dalian. Sie ist ein Dantalian und ein Portal zu "Dantalians Bibliotheca", in der verbotene Bücher der Dämonen zu finden sind. Diese verbotenen "Gensho" bedrohen das Gleichgewicht der Welt, doch werden die Leute durch dieses Tabu angezogen. Hugh und Dalian lösen nun gemeinsam die Fälle, indem sie sich das Wissens und die Möglichkeiten der Dantalians Bibliotheca aneignen.