Seit Godzilla 1954 Tokyo das erste Mal zerstörte, wurde die Stadt immer wieder von grausamen Riesenmonstern angegriffen. Aus diesem Grund wurde die Spezialeinheit namens AMMT (Anti-MegaMonster Troop) ins Leben gerufen. Doch als Godzilla 1999 plötzlich auftaucht haben die Soldaten der AMMT trotz Ihrer zerstörerischen Waffen keine Chance gegen das Monster. Jetzt, 4 Jahre später, hat die Regierung endlich eine neue Geheimwaffe fertig gestellt: Mechagodzilla. Das neue Ungetüm, komplett aus Stahl, hat viele neue Waffen im Handgepäck und soll Godzilla nun richtig einheizen. Der finale Kampf beginnt: Godzilla against Mechagodzilla!

Ein gigantisches Monster-Spektakel!

Die Riesenechse Godzilla wird bei der Zerstörung ihrer Insel immens radioaktiv verstrahlt. Doch das Monster Destroyah wütet in Japan und nur Godzilla kann es mit ihm Aufnehmen und die Menscheit retten.

Yuji Shinoda ist Godzilla-Spezialist und hat seinen Job gekündigt, um sich Vorhersagen über zukünftige Angriffe des Monsters zu widmen. Die Wissenschaftsjournalistin Yuki Ichonose hält dies für eine gute Sache und unterstützt ihn dabei. An Arbeit mangelt es den beiden nicht, denn schon bald taucht Godzilla aus den Fluten des Meeres auf und zerstört die ganze Stadt Nemuro. Verzweifelt versuchen die Wissenschaftler einen Zusammenhang zwischen dem Auftauchen Godzillas und einem sonderbaren Kometen herzustellen, der kurz zuvor in einem See entdeckt wurde. Während Godzilla sich auf den Weg zum Kernkraftwerk macht entpuppt sich der Meteor als gigantisches Ufo. Es attackiert Godzilla mit einem Hyperblast, der in aufs offene Meer trägt. Durch die enorme Wucht wird auch das Ufo stark beschädigt und es scheint als hätten sich die beiden Gegner selbst zerstört. Aber dann tauchen sie plötzlich wieder auf und die Finale Schlacht beginnt...

Rätselhafte Urzeitvögel dezimieren die Bevölkerung einer abgelegenen Insel. Es sind die Gyaos, eine Art Flugsaurier, die sich teilweise von Menschen ernähren. Das Militär versucht dieser Vögel in einem Baseball-Stadion habhaft zu werden. Als dieser Plan misslingt und die Stadt daraufhin droht vernichtet zu werden, taucht die Riesenschildkröte Gamera auf. Als Beschützerin der Menschheit nimmt sie den Kampf gegen die Gyaos auf...

Vor Japans Küste werden Boote von einem gigantischen Monster angegriffen und versenkt. Die Einwohner der Odo-Insel nennen es Godzilla. Der Wissenschaftler Dr. Yamane vermutet, dass es sich um einen 50 m großen Dinosaurier aus der Jura-Periode handelt, dass durch Atombomben aufgeschreckt wurde und nun sein Unwesen treibt. Godzilla legt Tokio in Schutt und Asche, das Militär kann das Monster nicht aufhalten. Dr. Serizawa hat eine todbringende Erfindung gemacht, doch er hat Angst, diese einzusetzen. Erst als er sieht, was Godzilla angerichtet hat, kann seine Freundin Emiko ihn überzeugen seine Waffe einzusetzen.