Im Jahre 0079 des Universal Century setzt die White Base ihre Reise durch das Weltall fort, verfolgt von den Elitetruppen und den Kommandos des Herzogtums Zion. Amuro und seine Freunde finden sich dabei mitten im Kriegsgeschehen wieder und sind nun direkt mit den Schrecken und der harten Wirklichkeit dieser Auseinandersetzungen konfrontiert.

Im Jahr 0079 des Universal Century befindet sich die White Base wieder auf der Reise durch den Weltraum, um an einer Offensive der föderalen Truppen teilzunehmen, die dem Krieg ein Ende setzen soll. Char Aznable ist Amuro und seinen Freunden noch immer auf den Fersen. Den Helden der Serie gelingt es oft nur knapp den Fallen und Hinterhalten zu entkommen. So geraten sie von einem Abenteuer ins nächste, bis sie schließlich an zwei entscheidenden Schlachten beteiligt sind, die das Schicksal des Universums bestimmen werden. Neu am Kriegsgeschehen beteiligt sind die New Types.

Die Menschen begannen sich im All anzusiedeln. Doch 79 Jahre später kommt es zu einem folgenschweren Konflikt. Die Menschen im All wollen sich abspalten und daraufhin entsteht ein Krieg ungeheuerlichen Ausmaßes, der für beide Seiten zahlreiche Opfer fordert. Welche Beweggründe hat Char Aznable, der erste Masked-Man der Gundam-Welt, für Zeon zu kämpfen?

Long ago, a powerful sentient robot known as GoLion, abused his great powers by attacking and killing creatures known as Deathblack Beastmen, boasting that no one could defeat him. For his arrogance, The Goddess of the Universe punished GoLion by separating him into 5 different lion robots. In the year 1999, a group of 5 young men returned to Earth after a space voyage, only to find it ravaged by nuclear war. After encountering the alien race known as the Galra, the 5 youths end up on the planet Altea and learn that the 5 lion robots that GoLion was split into are in hibernation in various parts of Altea. Somehow, they must reunite the lions and form GoLion, the only hope for the human race.