Die Highschool-Schülerin Chiyo Sakura ist in ihren Mitschüler Umetarou Nozaki verliebt. Als sie ihm unerwartet ihre Liebe gesteht, hält er sie jedoch für einen Fan und gibt ihr ein Autogramm. Sie sagt ihm, dass sie für immer bei ihm sein will und wird daraufhin zu ihm nachhause eingeladen, um ihm bei seinen Zeichnungen zu helfen. Es stellt sich heraus, dass Nozaki ein renommierter ‒ unter dem Künstlernamen Sakiko Yumeno bekannter ‒ Mangaka ist. Um sich Nozaki anzunähern, wird sie seine Assistentin. Im Verlauf der Arbeit an seinem Manga Let’s Love treffen die beiden auf etliche Mitschüler, die ihnen assistieren und ihnen als Inspiration für neue Charaktere in der Geschichte dienen.

Saiki Kusuo besitzt eine breite Auswahl an Superfähigkeiten, die er nutzen kann, darunter Telepathie und Telekinese. Das klingt fantastisch, aber in Kusuos Erfahrung sind nicht alle dieser Kräfte so wie sie sein sollten. Er versucht, trotz seiner außergewöhnlichen Fähigkeiten, ein normales Leben zu leben.

Als Suzumiya Haruhi sich das erste Mal in ihrer neuen Schule vorstellen soll, erklärt sie ihren neuen Schulkameraden sofort, dass sie kein Interesse an alltäglichen Dingen hat. Das Einzige, wofür sie sich interessiert, sind Aliens, Zeitreisende und ESPer - also Wesen mit außergewöhnlichen Fähigkeiten.

Sofort gründet sie die SOS-Brigade, einen inoffiziellen Schulklub, der sich mit außergewöhnlichen Dingen beschäftigen soll. Kyon wird von ihr als erstes Mitglied auserkoren - sehr zu seinem Leidwesen, denn ist er doch genau das Gegenteil von Haruhi und hat sich nie besonders für solche Sachen interessiert. Mit der tollpatschigen Asahina, der schweigsamen Leseratte Yuuki (deren Literatur-Clubraum von Haruhi kurzerhand requiriert wird) und dem besonnenen Koizumi finden sich bald drei weitere Club-Mitglieder ein.

Hakodate auf der nördlichen Hauptinsel Hokkaido. Die Visitenkarte von Kaitô Kid wird im Lagerhaus der Onoe-Gruppe gefunden. Zur gleichen Zeit wird im Lagerhausbezirk von Hakodate eine Leiche mit einem aufgeschlitzten Kreuz auf der Brust entdeckt. Die Spur führt zum „Händler des Todes“, einem Amerikaner mit japanischen Wurzeln, der in ganz Asien als Waffenhändler tätig ist. Es ist Zeit für eine epische Schatzsuche!

Hakodate auf der nördlichen Hauptinsel Hokkaido. Die Visitenkarte von Kaitô Kid wird im Lagerhaus der Onoe-Gruppe gefunden. Zur gleichen Zeit wird im Lagerhausbezirk von Hakodate eine Leiche mit einem aufgeschlitzten Kreuz auf der Brust entdeckt. Die Spur führt zum „Händler des Todes“, einem Amerikaner mit japanischen Wurzeln, der in ganz Asien als Waffenhändler tätig ist. Es ist Zeit für eine epische Schatzsuche!

Die Geschichte dreht sich um das kleine Mädchen Kohina. Kohina beschwört aus Versehen einen Kokkuri-san herauf. Dies ist ein eher rangniederer Geist aus der japanischen Mythologie. Der Kokkuri-san, den Kohina heraufbeschwört, ist ein sehr gutaussehender, weißhaariger, junger Mann. Zunächst hat er nur vor das Mädchen heimzusuchen, aber bald schon macht er sich Sorgen um das ungesunde Essverhalten Kohinas. Diese isst nämlich jeden Tag nur Fertig-Ramen. Also entscheidet er sich sie heimzusuchen, nicht um sie zu erschrecken, sondern um sie zu beschützen. Um die Sache noch etwas zu komplizieren schließen sich den beiden noch der in Kohina vernarrte Hundegeist, Inugami und der nichtsnutzige Tanuki (jap. Marderhund) Shigaraki, an.

Der Anime handelt von Yukito Kunisaki, einem Reisenden, der schon seit Jahren nach dem „Mädchen im Himmel“ sucht. Die Legende über das geflügelte Menschenwesen wird in seiner Familie seit Generationen weitererzählt, damit eines Tages ein Nachkomme das tragische Schicksal jenes sagenhaften Mädchens zum Positiven verändert.

Auf seiner Reise kommt Yukito in eine kleine Stadt am Strand, wo er das geheimnisvolle Mädchen Misuzu trifft, das unbedingt mit ihm Freundschaft schließen möchte. Somit nimmt eine Geschichte ihren Lauf, deren Wurzeln mehrere tausend Jahre in der Vergangenheit liegen …

In Fuuto, besser bekannt als Windy City, richten mysteriöse Wesen namens Dopants mithilfe der gefährlichen Gaia-Erinnerungen Chaos an. Doch es gibt auch Helden, die die Gaia-Erinnerungen nutzen, um diese Verbrecher zu bekämpfen: ein abgewrackter Privatdetektiv namens Shotaro Hidari und sein hochintelligenter Partner Philip. Die beiden verwandeln sich in Kamen Rider W - den legendären Helden von Fuuto City!

Nicht jeder Gott hat es leicht, vor allem nicht, wenn ihm ein eigener Schrein fehlt. Ohne feste Bleibe ist Yato trotz seines göttlichen Status dazu gezwungen, seine Dienste als eine Art Rent-a-God anzubieten. Kunden macht er durch Werbekritzeleien bzw. -graffiti in öffentlichen Toiletten und an Häuserwänden auf sich aufmerksam und wäre das nicht schon deprimierend genug, kündigt ihm auch noch seine göttliche Waffe den Dienst. In dieser Situation rettet ihn die Schülerin Hiyori vor einem herannahenden Auto, wird dabei aber selbst von diesem angefahren. Wieder genesen, versucht sie Yato wiederzufinden, muss bei einem Zwischenfall aber feststellen, dass sich ihre Seele seit dem Unfall zwischen ihrer Welt und dem Jenseits befindet, wodurch sie auch über besondere Kräfte verfügt. Sie beschließt, mit Yato zusammenzuarbeiten und ihm dabei zu helfen, die Bedrohung für die Menschen zu bekämpfen.