Die Elite von Tanagura ist schön, stark und intelligent. Kein Wunder, denn der Supercomputer Jupiter hat sie genetisch verändert und gezüchtet. Das hat einen Nachteil mit sich gebracht – sie sind steril. Um ihre Lust zu befriedigen, halten sie sich »Pets«, denen sie beim Sex zuschauen. »Haustiere«, das ist eine treffende Bezeichnung für die Menschen der Unterschicht aus Ceres: Ihre Herren behalten sie meist nur für ein Jahr und sie kümmern sich auch nicht wirklich um sie. Iason Mink, ein »Blondie« – also gewissermaßen die Crème de la Crème in Tanagura –, schafft sich jedoch sein eigenes Problem. Durch einen Zufall wird er auf Riki aufmerksam, den Anführer einer Motorradgruppe namens »Bison«. Nach einiger Zeit wird Riki zu Iasons »Pet«.

Vor vielen Jahren fing ein Wissenschaftler an, seine Gene zu manipulieren und so wurde die Menschheit in zwei Lager gespalten. Auf der einen Seite die Coordinators, genmanipulierte Menschen, die auf Raumkolonien leben und auf der anderen Seite die Naturals, »normale« Menschen, die zunehmend die Coordinators aufgrund ihrer Überlegenheit in vielen Bereichen hassen. Der Konflikt eskaliert mit der Vernichtung einer Raumkolonie mittels einer Atombombe durch die Erdallianz. Anfangs zweifelte man nicht an dem Sieg der zahlenmäßig überlegenen Erdallianz, doch die überlegene Technologie der Coordinators macht sie zu ebenbürtigen Gegnern und so stehen seit nunmehr 11 Monaten die Fronten fest und keine der beiden Parteien kann einen Vorteil erlangen.

Nur wenige Menschen haben den russisch-japanischen Krieg der Meiji-Zeit überlebt. Einer von diesen wenigen ist Sugimoto. Er hat es sich zur Aufgabe gemacht die Ehefrau seines verstorbenen Freundes zu unterstützen und versucht in Hokkaido mit Goldschürfen das nötige Geld zu verdienen. Als er von einem Bären angegriffen wird trifft er auf die junge Ainu Asirpa die Ihm hilft den Bären zu erlegen. Mit Ihr begibt er sich auf die Suche nach dem legendären Goldschatz, der den Ainu gestohlen worden sein soll.

Ein Teehaus, irgendwo in Yokohama: Der Sohn des Gouverneurs und seine Kumpane lassen es sich gut gehen. Zum Leidwesen der anderen Gäste. Auch die erst 15-jährige Kellnerin Fuu fühlt sich belästigt. Als dann auch noch der wilde Mugen auftaucht, liegt Ärger in der Luft. Mit dem Erscheinen des Samurais Jin eskaliert die Situation endgültig. Jin fordert Mugen zum Kampf. Im Verlauf des Duells merken die Kontrahenten bald, dass sie es zum ersten Mal in ihrem Leben mit einem ebenbürtigen Gegner zu tun haben. Doch noch bevor einer von ihnen den Sieg davontragen kann, werden sie verhaftet und kurzerhand zum Tode verurteilt. Nur Fuu kann die beiden Männer retten – unter einer Bedingung: Sie sollen sie begleiten. Denn Fuu befindet sich auf der Suche: Auf der Suche nach einem mysteriösen Samurai, „der nach Sonnenblumen duftet“

Durch die Entwicklung der Mana-Technologie, die es den Menschen erlaubt magiegleiche Kräfte einzusetzen, gehören Dinge wie Kriege, Hunger und Umweltverschmutzung der Vergangenheit an. Mana ist für die Gesellschaft so zentral geworden, dass all jene, welche diese Technologie nicht einsetzen können, nicht als gleichwertige Menschen angesehen werden. Stattdessen werden sie komplett verstoßen und sogar für gefährlich gehalten. Als eine derartige „Norma“ wird auch Angelize, die Prinzessin des Misurugi-Imperiums, enttarnt, die davon bis zu diesem Zeitpunkt jedoch selbst nichts wusste. Man nimmt sie gefangen und verbannt sie auf eine abgelegene Insel. Dort wird sie gezwungen mit anderen Norma-Mädchen mittels humanoider Kampfroboter, „Barameiru“ genannt, gegen riesige Drachen zu kämpfen, die, aus einer anderen Dimension kommend, die Erde überfallen. Mit ihrem alten Leben in Trümmern, muss Angelize nun in ihrer neuen, gefährlichen Umgebung bestehen.

Nach 20 Jahren Knechtschaft unter der Allianz, versucht eine Handvoll Rebellen sich gegen das Regime aufzulehnen. Die fünf hochtrainierten Gundam-Piloten Heero Yuy, Quatre Raberba Winner, Duo Maxwell, Chang Wu Fei, Trowa Barton werden unabhängig voneinander von der Rebellen-Basis zur Erde geschickt: Dort sollen sie in der „Operation Meteor“ die Regierung der Weltallianz stürzen, deren Geheimgesellschaft OZ die Weltraumkolonien mit Tyrannei und ihren grausamen OZ-MS (Mobile Suit-Maschinen) unter Kontrolle halten will. Die fünf Elite-Kämpfer – allesamt erst fünfzehn Jahre alt und ausgerüstet mit ihren weiter entwickelten, fast unzerstörbaren Mobile Suits, den so genannten Gundams – sollen in unterschiedlichen Regionen der Erde mit Guerilla-Taktik die Rebellion der Weltall-Kolonien vorbereiten. Von den Elite-Piloten muss vor allem Heero Yuy die gefährlichsten Abenteuer bestehen, aber mit Hilfe seiner Freunde gelingt es ihm, sich gegen einen übermächtigen Feind und seinen wehrhaften OZs-Mobile Suits zur Wehr zu setzen.