Die Welt von Granblue Fantasy ist von Krieg gezeichnet. Die vielen, in den Wolken schwebenden Inseln, sind Zeugen des einstigen Kampfes zwischen uralten mächtigen Wesen, den Astralen und den Bewohnern des Himmels, den Sky'Dwellers. Nachdem die Astralen besiegt und ihre Macht in Kristallen versiegelt wurde, beginnt ein Zeitalter des Friedens.

Das soll jedoch nicht lange anhalten als das Erste Empire nach eben jenen Artefakten sucht um die Welt zu unterdrücken. Hier beginnt unser Held sein Abenteuer, auf dem er auch einem mysteriösen Mädchen begegnet, deren Auftauchen das Erwachen uralter Mächte hervorruft.

Die Highschool-Schülerin Chiyo Sakura ist in ihren Mitschüler Umetarou Nozaki verliebt. Als sie ihm unerwartet ihre Liebe gesteht, hält er sie jedoch für einen Fan und gibt ihr ein Autogramm. Sie sagt ihm, dass sie für immer bei ihm sein will und wird daraufhin zu ihm nachhause eingeladen, um ihm bei seinen Zeichnungen zu helfen. Es stellt sich heraus, dass Nozaki ein renommierter ‒ unter dem Künstlernamen Sakiko Yumeno bekannter ‒ Mangaka ist. Um sich Nozaki anzunähern, wird sie seine Assistentin. Im Verlauf der Arbeit an seinem Manga Let’s Love treffen die beiden auf etliche Mitschüler, die ihnen assistieren und ihnen als Inspiration für neue Charaktere in der Geschichte dienen.

In dieser Geschichte voller Lieben, Leiden und Menschlichkeit versuchen vier Jungen und Mädchen, in einer kleinen Stadt vor Shinjuku ihr Leben zu bestreiten. Aus kleinen Missverständnissen erwachsen bald große Komplikationen und ihre mannigfaltigen Gefühle weben schon bald ein enges Netz der Emotionen.

Dies ist die Geschichte des alltäglichen Lebens, das mit 49 % zurück, doch mit 51 % nach vorne blickt.

Der Dämonenkönig Satan ist einen Schritt davon entfernt, seine Welt komplett zu erobern, als er plötzlich nach Tokio transportiert wird. Um sich seinen Lebensunterhalt zu verdienen, ist er gezwungen, als Aushilfskraft in einem Fast-Food-Restaurant zu arbeiten. Seine Eroberungspläne formt er kurzerhand um und beschließt nun Japan zu erobern, wobei für ihn dafür der erste Schritt ist, dass er von einer Aushilfe zu einem fixen Angestellten aufsteigt. Währenddessen erreicht aber auch die Heldin Emilia unsere Welt und macht sich auf die Suche nach Satan, um ihn zu vernichten.

Hotori Arashiyama ist Schülerin und aufgrund ihrer aufbrausenden Persönlichkeit, die gepaart mit ihrem nicht sonderlich hohem Intellekt zu so manch skurriler Aktion führt, berühmt berüchtigt in ihrer Nachbarschaft. In ihrer Freizeit arbeitet sie in einem Maid Café, das jedoch vor allem dem Namen nach eines ist und in das sich nur vereinzelt Kundschaft aus dem lokalen Einkaufsviertel verirrt. Einziger Stammgast ist Sanada, ein Mitschüler von Hotori, der insgeheim in sie verknallt ist. Eine hellere Zukunft für das Café scheint erst möglich, als Hotoris Freundin Toshiko zur Belegschaft stößt. Die weiß zwar, wie man sich als Maid wirklich zu benehmen hat, ist allerdings in erster Linie daran interessiert durch ihren neuen Job ihrem Schwarm Sanada möglichst nahe zu sein. Gemeinsam erleben sie nun verschiedene Alltagsabenteuer, denen Arashiyamas Marotten sowie die diversen insgeheimen Romantikinteressen gehörig Schwung verleihen.