Madlax ist der Name einer Elitespezialagentin im Einsatz in Kriegsgebieten. Niemand kennt ihren wahren Namen oder ihre Vergangenheit. Eines Tages trifft sie auf die junge Margerette Barton. Margerette ist die Tochter einer Adelsfamilie und lebt allein mit ihrer Dienerin, seit sie vor 12 Jahren ihre Eltern bei einem Flugzeugabsturz verloren hat. Die beiden Mädchen, welche in völlig unterschiedlichen Welten leben, haben jetzt ein gemeinsames Ziel. Sie wollen zusammen das »Heilige Land« finden und ihre Fragen beantworten.

Hanasaki Tsubomi geht in die zweite Klasse der Mittelschule und liebt Pflanzen, insbesondere Blumen. Eines Tages hatte sie einen komischen Traum von einem großen Baum in voller Blüte. Plötzlich verwelkten die Blüten und die Geister des Baumes flogen davon. Ein paar Tage später, nachdem Tsubomi auf die Myodou-Schule gewechselt ist, tauchen diese Geister, die sie im Traum gesehen hatte, vor ihr auf und bitten sie, eine legendäre Kriegerin Pretty Cure zu werden und den »Großen Baum der Herzen« zu verteidigen.

Tsubomi lehnt mit der Begründung ab, sie könne das nicht alleine machen. Wie es der Zufall will, greift während dieses Gesprächs ein unbekannter Feind an und die Herzblume von Tsubomis neuer Klassenkameradin, Kurumi Erika, wird gestohlen. Um Erika zu retten, bleibt ihr keine andere Wahl, als zu einer Pretty Cure, namens Cure Blossom, zu werden und zu kämpfen.

Ein unbekannter Planet zu einer unbekannten Zeit. Eine dicke, elektrisch geladene Wolkenschicht trennt die höheren Bereiche der Stadt, in denen die Oberschicht residiert, von den unteren Regionen. Hier unten haust die Mehrheit der Bevölkerung, arm und ohne Perspektive. Verbunden sind diese Bereiche lediglich durch ein paar Türme.

Seitdem der König einen Weg gefunden hat, um den Körper von seinen Erinnerungen und seiner Persönlichkeit zu trennen, findet ein schwunghafter Handel mit diesen statt. Da die Nachfrage das „normale“ Angebot übersteigt – und keiner gern Körper oder Erinnerungen eines alten Menschen kauft – jagen Maschinen im Auftrag der Oberschicht in den Niederungen der Stadt nach frischer Ware. Dies wird von der Regierung nicht ausreichend verfolgt, obwohl in der Öffentlichkeit der Verbot dieser Praktiken proklamiert wird. Doch es gibt Widerstand im Untergrund...

Nach ihren ersten zaghaften Schritten im All steht die Menschheit im Jahre 2199 bereits kurz vor ihrer Vernichtung: Die Gamilas, ein mysteriöses, außerirdisches Großreich, haben die Erde nahezu unbewohnbar gemacht und die Erdnationen sprichwörtlich in den Untergrund getrieben. Die letzte Hoffnung auf Überleben liegt in der Technologie der Iscanderianer, welche nicht nur die Erde wieder bewohnbar machen, sondern gar das Tor in die Weiten des Weltraums aufstoßen würde! Das ehemalige Kriegsschiff „Yamato“ macht sich auf die lange, gefahrvolle Reise nach Iscandar. Es bleiben 365 Tage bis zur Vernichtung der Menschheit.

Im Jahr 1999 kämpfen die 6 Himmelsdrachen, die die Erde beschützen wollen, gegen die 6 Erddrachen, welche für eine Neuerung der Erde und die Vernichtung der Menschen kämpfen. Kamui kehrt nach Tokio zurück um das heilige Schwert an sich zu nehmen, wird aber noch nicht für würdig gehalten. Er ist zurückhaltend gegenüber seinen Kindheitsfreunden Fuma und Kotori und benimmt sich sehr aggressiv. Er ist der Auserwählte, dem es gewährt ist selbst zu entscheiden, ob er am Tag der Prophezeiung als Erd- oder Himmelsdrache kämpfen will. Doch die Zukunft ändert sich nicht, egal welche Entscheidung er trifft. Wird es Kamui gelingen das Schicksal doch noch zu besiegen?