Wir schreiben das Jahr 3 der Keio-Ära, Iapan, Ädo. Während politische Umwälzungen das Land in Aufruhr versetzen, träumt der junge Kū Bashin davon, durch Standard Battle Spirits stärker zu werden. Doch als er den herrenlosen Samurai Araja Zetsu trifft, einen exzellenten Eternal Battler, der von shogunatsfeindlichen Kräften verfolgt wird, begleitet er ihn auf dessen Reise und schreibt Geschichte.

Die Tokyo Butei High School ist eine Spezialschule, an der bewaffnete Detektive, die Butei, im Waffengebrauch ausgebildet werden. Kinji Touyama ist Schüler des zweiten Jahrgangs und verfügt über die spezielle Fähigkeit, dass er, sobald er durch das andere Geschlecht erregt wird, geradezu übermenschliche Kräfte entwickelt. Das hält er jedoch geheim, damit er weiterhin ein gewöhnliches, friedliches Leben führen kann. Eines Tages gerät er jedoch auf dem Weg zur Schule in einen Bombenanschlag und trifft in der Folge auf Aria H. Kanzaki, womit seine friedliche Schulzeit ein jähes Ende findet.