Ein unbekannter Planet zu einer unbekannten Zeit. Eine dicke, elektrisch geladene Wolkenschicht trennt die höheren Bereiche der Stadt, in denen die Oberschicht residiert, von den unteren Regionen. Hier unten haust die Mehrheit der Bevölkerung, arm und ohne Perspektive. Verbunden sind diese Bereiche lediglich durch ein paar Türme.

Seitdem der König einen Weg gefunden hat, um den Körper von seinen Erinnerungen und seiner Persönlichkeit zu trennen, findet ein schwunghafter Handel mit diesen statt. Da die Nachfrage das „normale“ Angebot übersteigt – und keiner gern Körper oder Erinnerungen eines alten Menschen kauft – jagen Maschinen im Auftrag der Oberschicht in den Niederungen der Stadt nach frischer Ware. Dies wird von der Regierung nicht ausreichend verfolgt, obwohl in der Öffentlichkeit der Verbot dieser Praktiken proklamiert wird. Doch es gibt Widerstand im Untergrund...

Mikan Sakura, ein freundliches, aber leicht naives Mädchen, wächst in einem kleinen Dorf im Nirgendwo auf. Nach einiger Zeit trifft sie auf das Mädchen Hotaru Imai in ihrer Klasse und die beiden werden dicke Freunde. Plötzlich, ohne große Vorwarnung, wechselt Hotaru an eine Schule in Tokio, worüber Mikan todunglücklich ist. Sie sieht nicht ein, dass beide getrennt leben sollten und packt ihre sieben Sachen, um ihrer Freundin zu folgen. In Tokio angekommen, muss Mikan feststellen, dass es sich bei Hotarus Schule um ein Internat handelt, besser bekannt als "Alice Academy" oder "Gakuen Alice" und für Kinder mit außergewöhnlichen Begabungen ist. "Alice" ist eine angeborene Gabe und Leute mit einer solchen werden vom Staat strengstens geschützt, dessen Hauptaufgabe der "Alice Academy" es ist. Da das Glück auf Mikans Seite ist, wird sie auch prompt vom gutaussehenden Lehrer Narumi an der Eliteschule angemeldet, den sie vor der Academy trifft. Alle dortigen Schüler haben ganz besondere, bizarre Fähigkeiten. Wird Mikan auf der neuen Schule zurechtkommen und wird sie herausfinden, was ihr eigenes Alice ist?

Touya Fuji und Yuki Morikawa sind seit ihrer High School Zeit ein Paar. Inzwischen Studenten, rückt Yukis Traum ein Idol zu werden, langsam in greifbare Nähe. Durch ihre karrierebedingten Verpflichtungen und Touyas Aushilfsjobs wird die gemeinsame Zeit der beiden immer weniger und besonders Touya beginnt unter der Trennung zu leiden. Gleichzeitig treten andere Frauen verstärkt in sein Leben, seien es alte Bekannte, wie die Studienkollegin Misaki und die Kindheitsfreundin Haruka, oder aber auch Yukis neue Freundin, der Superstar Rina Ogata. In seiner zunehmenden Einsamkeit ist Touya nun hin und her gerissen zwischen seiner Liebe zu Yuki und den Gelegenheiten, die sich ihm bieten.

Japan in den 50er Jahren. Rund ein Jahrzehnt nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs ist das Land von Armut und Kriegsschäden zerrüttet. In dieser Zeit treffen sechs Jugendliche in einer Art Jugendstrafanstalt aufeinander, die sich noch als Hölle auf Erden erweisen soll. Tag für Tag sehen sie sich hilflos dem grausamen Regime eines pädophilen Arztes und eines sadistischen Wärters ausgeliefert. Doch ein kleiner Hoffnungsschimmer scheint durch den grauen Knastalltag, denn ihr Zellenkollege Rokurouta bringt den Frischlingen schnell bei, wie der Hase im Gefängnis läuft und, dass das Leben doch etwas wert ist.

Toby the panda must save his planet from the evil king.