Vor vielen Jahren fing ein Wissenschaftler an, seine Gene zu manipulieren und so wurde die Menschheit in zwei Lager gespalten. Auf der einen Seite die Coordinators, genmanipulierte Menschen, die auf Raumkolonien leben und auf der anderen Seite die Naturals, »normale« Menschen, die zunehmend die Coordinators aufgrund ihrer Überlegenheit in vielen Bereichen hassen. Der Konflikt eskaliert mit der Vernichtung einer Raumkolonie mittels einer Atombombe durch die Erdallianz. Anfangs zweifelte man nicht an dem Sieg der zahlenmäßig überlegenen Erdallianz, doch die überlegene Technologie der Coordinators macht sie zu ebenbürtigen Gegnern und so stehen seit nunmehr 11 Monaten die Fronten fest und keine der beiden Parteien kann einen Vorteil erlangen.

Die drei Geschwister Kanba, Shouma und Himari leben zusammen in dem Takakura-Haus. Himari, die in einem schlechten Gesundheitszustand ist, ist so gut wie jeden Tag im Krankenhaus. Eines Tages, als die Geschwister auf einem Ausflug in das Aquarium sind, bricht Himari zusammen. Die Ärzte erklären den beiden Zwillingen, dass nichts für Himari getan werden kann, doch dann geschieht ein Wunder.

Rikuo Nura ist zu einem Viertel ein Youkai und lebt gemeinsam mit seinem Großvater in einem Haus voller Geister und anderer übernatürlicher Wesen. Allerdings möchte Rikuo zum Missfallen seines Großvaters lieber ein Mensch als ein Youkai sein. Zudem weigert er sich, den Dämonenklan seines Großvaters, den Nura-Klan, zu übernehmen.

Girls' Last Tour handelt von den beiden Freundinnen Chito und Yuuri, die als einzige den Tod der Menschheit überlebt haben. Zusammen reisen die beiden ziellos auf ihrem „Kettenkrad“ durch die Ruinen der Welt, die sie einst kannten. Um zu überleben, suchen sie Tag für Tag sowohl nach Nahrung als auch nach Treibstoff für ihr Gefährt. Trotz der düsteren Zeit, in der sie leben, lassen sie sich nicht entmutigen und leben für die Gefühle und Erfahrungen, die sie miteinander teilen …

Japan, späte Edo-Zeit. Die Erde wurde von einer außerirdischen Rasse namens Amantoannektiert, die technisch der Menschheit des 21. Jhds. weit voraus ist. Als Maßnahme zur Friedenssicherung wurden Japans Samurai entwaffnet. Einer von ihnen, Sakata Gintoki, schlägt sich nun als Gelegenheitsarbeiter durch und trifft dabei auf allerlei buntes Volk.