Bereits seit mehreren Jahrhunderten nimmt die Populationszahl der Menschheit langsam aber stetig ab. Die Erde wird inzwischen großteils von Feen bewohnt. Feen sind Wesen, die zehn Zentimeter groß, sehr intelligent sind und zudem einen großen Appetit auf Süßigkeiten haben. Die Protagonistin dieser Geschichte hat eine sehr wichtige Aufgabe übernommen. Sie agiert nämlich als eine Art Vermittlerin zwischen den Feen und den Menschen. Angenommen hat sie diese Aufgabe nur, weil sie davon ausging, dass es eine sehr einfache Tätigkeit ist und sie dies auch im hohen Alter noch vollziehen kann. Als sie die Feen jedoch kennenlernt, muss sie feststellen, dass diese Aufgabe alles andere als einfach ist.

Schon seit ihrer Kindheit sind Kousuke und Natsumi befreundet. Auch wenn sie sich in der sechsten Klasse etwas voneinander entfremdet haben, beschließen sie, in den Sommerferien noch einmal den alten Gebäudekomplex aufzusuchen, wo sie früher gewohnt haben, bevor er abgerissen wird. Viel Zeit bleibt ihnen jedoch nicht, um in Erinnerungen zu schwelgen, denn es geschieht etwas Sonderbares: Plötzlich verändert sich ihre Umgebung und das alte Haus treibt wie ein Schiff auf den Ozean hinaus, zusammen mit den Kindern und allen anderen Leuten, die sich in der Nähe aufhalten…

Der Schauplatz von Soul Eater ist die Shibusen-Universität, deren Schüler sogenannte Meister sind. Jeder von ihnen hat eine Art lebende Waffe als Partner und sie alle verfolgen das Ziel, ihre Waffe zu einer Death Scythe zu machen, indem sie die Seelen böser Menschen aufsammeln. Das ist aber mehr eine Motivationshilfe, denn das eigentliche Ziel der Universität ist es zu verhindern, dass diese Seelen in die falschen Hände geraten - im schlimmsten Fall in die von jemanden, der damit versucht einen Dämonengott zu erschaffen. Die Anime-Serie verfolgt die Abenteuer der Meister Maka, Black Star und Death the Kid mit ihren jeweiligen Partnern Soul Eater, Tsubaki, Patty und Liz, die alle mehr oder weniger ernsthaft versuchen, die Welt vor ihrem Untergang zu bewahren.

Nachdem Okko ihre Eltern bei einem Autounfall verlor, zieht sie aufs Land, um bei ihrer Großmutter zu leben. Diese führt ein traditionelles japanisches Gasthaus, das direkt auf einer Wasserquelle gebaut wurde. Schon bald findet sie heraus, dass hier Geister leben, die nur sie sehen kann. Keine beängstigenden, sondern freundliche Geister, die ihre Begleitung suchen. Schon bald wird sie auf die Probe gestellt, als neue Gäste ihre Fähigkeiten als liebenswerte Gastgeberin herausfordern.

Im Jahr 2045 kämpfen zwei Kinder vom Mond und drei Kinder von der Erde nach einem Unfall auf ihrer Raumstation, auf der sie nun festsitzen, ums Überleben.

Hanasaki Tsubomi geht in die zweite Klasse der Mittelschule und liebt Pflanzen, insbesondere Blumen. Eines Tages hatte sie einen komischen Traum von einem großen Baum in voller Blüte. Plötzlich verwelkten die Blüten und die Geister des Baumes flogen davon. Ein paar Tage später, nachdem Tsubomi auf die Myodou-Schule gewechselt ist, tauchen diese Geister, die sie im Traum gesehen hatte, vor ihr auf und bitten sie, eine legendäre Kriegerin Pretty Cure zu werden und den »Großen Baum der Herzen« zu verteidigen.

Tsubomi lehnt mit der Begründung ab, sie könne das nicht alleine machen. Wie es der Zufall will, greift während dieses Gesprächs ein unbekannter Feind an und die Herzblume von Tsubomis neuer Klassenkameradin, Kurumi Erika, wird gestohlen. Um Erika zu retten, bleibt ihr keine andere Wahl, als zu einer Pretty Cure, namens Cure Blossom, zu werden und zu kämpfen.

Im feudalen Japan sorgte die Shinsengumi Miliz im Namen des Shogunats in Kyoto für Recht und Ordnung. In diesem Umfeld sinnt der 15-jährige Waise Tetsunosuke auf Rache für die grausame Ermordung seiner Eltern und versucht sich der berühmten Gruppe anzuschließen. Schnell muss er merken, dass die Ausübung von emotionslos vorgetragener Gerechtigkeit nicht gerade für ihn geschaffen ist. Trotz der Unterstützung durch seinen Bruder Tatsunosuke, stolpert der junge Rekrut über Blut und Schmerz auf dem Weg zu seinem persönlichen Frieden, als er sich anfangs hätte vorstellen können...

Toby the panda must save his planet from the evil king.