Ein riesiges neunschwänziges Fuchsmonster greift das Dorf Konohagakure an und zerstört alles in seiner Umgebung. Viele tapfere Ninjas sterben bei dem Versuch ihre Familien zu beschützen und das Dorf zu verteidigen. Schließlich schafft es ein einzigartiger Ninja den Dämon zu bändigen und schließt ihn in den Körper eines Neugeborenen ein. Jedoch muss dieser Held, der Hokage der vierten Generation, einen hohen Preis zahlen. Er verliert sein Leben bei der Rettung des Dorfes.

12 Jahre sind nach diesem Unglück vergangen, der Junge Naruto Uzumaki, ein etwas tollpatschiger Ninja, hat gerade seine erste Abschlussprüfung an der Ninja-Akademie bestanden. Nachdem er nun die erste Hürde auf dem Weg ein großer Ninja zu werden bestanden hat, macht er sich mit seinen beiden Freunden auf, um viele Missionen für das Dorf zu erledigen.

All his life, Riku Tachibana has been raised by his grandfather. For some reason, the old man has always been fond of strange hand gestures, and they've rubbed off on Riku, who performs them almost subconsciously, to his classmates' great amusement. One day, however, it suddenly becomes clear to Riku what his grandfather has been surreptitiously teaching him. And the teachings could mean the difference between life and death for Riku.

Endlich richtige Superheldenarbeit – und das ganz ohne Lehrer! Im Rahmen eines Vermittlungsprojekts sollen die Schüler der Klasse 1a der Yuei-Oberschule auf der abseits gelegenen Insel Nabu den in die Jahre gekommenen örtlichen Superhelden vertreten und übergangsweise die Bevölkerung unterstützen. Was zunächst ganz harmlos beginnt, entwickelt sich jedoch schnell zu einem gefährlichen Einsatz: Schurken haben es auf den kleinen Katsuma und dessen Spezialität abgesehen und fallen auf der Insel ein. Abgeschnitten von der Außenwelt muss die ganze Klasse zusammenhalten und zeigen, was sie bisher gelernt hat. Vor allem Izuku und Katsuki wachsen gemeinsam über sich hinaus, um Katsuma und die anderen Einwohner zu beschützen. Doch wird das gegen den superstarken Nine, der genau wie All for One mehrere Spezialitäten besitzt, wirklich ausreichen?

Rikuo Nura ist zu einem Viertel ein Youkai und lebt gemeinsam mit seinem Großvater in einem Haus voller Geister und anderer übernatürlicher Wesen. Allerdings möchte Rikuo zum Missfallen seines Großvaters lieber ein Mensch als ein Youkai sein. Zudem weigert er sich, den Dämonenklan seines Großvaters, den Nura-Klan, zu übernehmen.

Durch die Entwicklung der Mana-Technologie, die es den Menschen erlaubt magiegleiche Kräfte einzusetzen, gehören Dinge wie Kriege, Hunger und Umweltverschmutzung der Vergangenheit an. Mana ist für die Gesellschaft so zentral geworden, dass all jene, welche diese Technologie nicht einsetzen können, nicht als gleichwertige Menschen angesehen werden. Stattdessen werden sie komplett verstoßen und sogar für gefährlich gehalten. Als eine derartige „Norma“ wird auch Angelize, die Prinzessin des Misurugi-Imperiums, enttarnt, die davon bis zu diesem Zeitpunkt jedoch selbst nichts wusste. Man nimmt sie gefangen und verbannt sie auf eine abgelegene Insel. Dort wird sie gezwungen mit anderen Norma-Mädchen mittels humanoider Kampfroboter, „Barameiru“ genannt, gegen riesige Drachen zu kämpfen, die, aus einer anderen Dimension kommend, die Erde überfallen. Mit ihrem alten Leben in Trümmern, muss Angelize nun in ihrer neuen, gefährlichen Umgebung bestehen.

Wir schreiben das Jahr 3394, tausend Jahre nachdem die Menschheit durch die sogenannten Gauna nahezu ausgelöscht und die Erde zerstört wurde. Ein Teil der Menschheit konnte sich jedoch auf riesigen Raumschiffen, die aus Trümmern der Erde gebaut wurden, in die Weiten des Weltalls flüchten. Eines dieser Schiffe ist die Sidonia auf dem sich über die Jahrhunderte eine eigene Zivilisation gebildet hat. Eine Zivilisation basierend auf dem Vorbild der japanischen Gesellschaft und Lebensweisen. Die Forschung auf Sidonia ermöglicht die Reproduktion durch Clonen, asexuelle Fortpflanzung und genetische Veränderungen wie z.B. die Fähigkeit der Photosynthese bei Menschen.

Die Motive der Gauna, die Menschheit zu bedrohen, liegen jedoch trotz der vielen Jahre des Konflikts immer noch im Verborgenen.

In diese Welt wird Nagate Tanikaze geboren und wuchs bei seinem Großvater versteckt im Untergrund der Stadt Sidonia auf. Gemeinsam mit seinem Großvater, übte er in einem Simulator, der für die Bedienung von mechanischen Wächtern erschaffen wurde. Als sein Großvater eines Tages stirbt, wird Tanikaze durch Zufall entdeckt. Als man ihn auf seine Kampffertigkeiten testet stellt sich heraus, dass er das Zeug zum Piloten eines echten Wächters hat und mehr noch einen besonderen Wächter älteren Modells fliegen kann. Somit ist Tanikaze quasi auserwählt sich in den Überlebenskampf gegen die Gauna an vorderster Front zu stürzen.