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当还是很和平的时候，世界突然出现了一个企图侵略地球的邪恶军团“黑暗十字军”，地球受到无尽的威胁。在这时，联合国组成了一支地球保卫联盟的军队。这支军队被分配到不同角落，其中一支就处于日本。“黑暗十字军”开始在日本不同地区破坏。
日本各地，黑暗十字军各自选出目标，杀害反对他们的人。当大家都被杀害，其中五人奇迹生还并发誓会复仇。他们穿上特别的电子战衣，使用着普通人没法使用的超能力。指挥官告诉他们，他们是秘密的战士·“秘密战队五连者”。具有很好的机会去对抗十字军。

優秀な科学者にしてオートレーサーの大学生・本郷猛は、世界征服を企てる悪の秘密結社・ショッカーに捕われる。本郷の能力に着目していたショッカーは、アジトで1週間かけて彼をバッタの能力を持つ改造人間に改造する。しかし、本郷は脳改造される寸前、ショッカーに協力させられていた恩師・緑川博士に助けられてアジトから脱出する。以降、仮面ライダーとなった本郷は、ショッカーが送り出す怪人たちを次々に倒していく。

ショッカーは仮面ライダー打倒のため、フリーカメラマン・一文字隼人を仮面ライダー同様の改造人間に改造する。だが、一文字も脳改造の直前に本郷に救出され、もう1人の仮面ライダーとなる。

こうして誕生した2人の仮面ライダーは日本と海外に別れ、時には共闘しながら、オートレーサーとしての師・立花藤兵衛、FBI捜査官・滝和也、自分たちに憧れる少年仮面ライダー隊などの多くの仲間たちの協力を得てショッカーと戦う。普通の人間に戻れなくなった悲しみを仮面の下に隠し、「人間の自由」を守るために。