Schon seit ihrer Kindheit sind Kousuke und Natsumi befreundet. Auch wenn sie sich in der sechsten Klasse etwas voneinander entfremdet haben, beschließen sie, in den Sommerferien noch einmal den alten Gebäudekomplex aufzusuchen, wo sie früher gewohnt haben, bevor er abgerissen wird. Viel Zeit bleibt ihnen jedoch nicht, um in Erinnerungen zu schwelgen, denn es geschieht etwas Sonderbares: Plötzlich verändert sich ihre Umgebung und das alte Haus treibt wie ein Schiff auf den Ozean hinaus, zusammen mit den Kindern und allen anderen Leuten, die sich in der Nähe aufhalten…

In einer Welt, in der Drachen die Menschen terrorisieren, ist es ausgerechnet die kleine Drachenjägerin Leo, die den gequälten Seelen mit ihrer überragenden Kampfkraft ein Licht der Hoffnung spendet. Im Schatten dieses Wunderkindes lebt ihr treuer Helfer Ragna. Von der Angst getrieben, dass seinem Idol etwas zustoßen könnte, trainiert er wie ein Besessener – aber ohne jeden Erfolg. Bis ihm im Traum sein zukünftiges Ich erscheint und ihm seine Kräfte überträgt. Doch mit dieser Macht geht eine schier unlösbare Mission einher …

Die Geschichte beginnt mit dem beliebten Online-Spiel Yggdrasil, das eines Tages im Jahr 2138 abgeschaltet werden soll. Momonga, der Protagonist, will sich jedoch nicht ausloggen. Daraufhin wird Momonga in einen mächtigen Skelett-Magier verwandelt. Die Welt von Yggdrasil verändert sich daraufhin, sodass NPCs plötzlich Emotionen und ein eigenes Bewusstsein bekommen.

Ohne Eltern, Freunde oder einen Platz in der Gesellschaft versucht dieser junge Mann, die neue Welt zu erobern, die aus dem Spiel Yggdrasil entstanden ist.