Nachdem die junge Schülerin Madoka Kaname eines Morgens von ihrem kleinen Bruder aus einem merkwürdigen Traum gerissen wird, geht sie wie gewöhnlich mit ihren Freundinnen zur Schule. Dort stellt sie jedoch fest, dass das Mädchen, das ihr kurz zuvor im Traum begegnete, ihre neue Mitschülerin Homura Akemi ist. Als sie am Nachmittag mit ihrer Freundin Sayaka Miki in einen Musikladen geht, hört sie plötzlich eine um Hilfe bittende Stimme. Als sie der Stimme folgt, findet sie ein verwundetes, magisches Wesen namens Kyubey, das von der neuen Mitschülerin gejagt wurde. Als sie Homura das magische Wesen nicht übergeben will, schlittert Madoka nach und nach weiter in mysteriöse Parallelwelten, in denen Magical Girls gegen böse Hexen kämpfen. Werden sich Madoka und ihre Freundin Sayaka an den Rat ihrer Beschützerin halten und darauf verzichten, ebenfalls Magical Girls zu werden, oder entgegen der Empfehlung das verlockende Angebot annehmen?

Endlich richtige Superheldenarbeit – und das ganz ohne Lehrer! Im Rahmen eines Vermittlungsprojekts sollen die Schüler der Klasse 1a der Yuei-Oberschule auf der abseits gelegenen Insel Nabu den in die Jahre gekommenen örtlichen Superhelden vertreten und übergangsweise die Bevölkerung unterstützen. Was zunächst ganz harmlos beginnt, entwickelt sich jedoch schnell zu einem gefährlichen Einsatz: Schurken haben es auf den kleinen Katsuma und dessen Spezialität abgesehen und fallen auf der Insel ein. Abgeschnitten von der Außenwelt muss die ganze Klasse zusammenhalten und zeigen, was sie bisher gelernt hat. Vor allem Izuku und Katsuki wachsen gemeinsam über sich hinaus, um Katsuma und die anderen Einwohner zu beschützen. Doch wird das gegen den superstarken Nine, der genau wie All for One mehrere Spezialitäten besitzt, wirklich ausreichen?

Durch die Entwicklung der Mana-Technologie, die es den Menschen erlaubt magiegleiche Kräfte einzusetzen, gehören Dinge wie Kriege, Hunger und Umweltverschmutzung der Vergangenheit an. Mana ist für die Gesellschaft so zentral geworden, dass all jene, welche diese Technologie nicht einsetzen können, nicht als gleichwertige Menschen angesehen werden. Stattdessen werden sie komplett verstoßen und sogar für gefährlich gehalten. Als eine derartige „Norma“ wird auch Angelize, die Prinzessin des Misurugi-Imperiums, enttarnt, die davon bis zu diesem Zeitpunkt jedoch selbst nichts wusste. Man nimmt sie gefangen und verbannt sie auf eine abgelegene Insel. Dort wird sie gezwungen mit anderen Norma-Mädchen mittels humanoider Kampfroboter, „Barameiru“ genannt, gegen riesige Drachen zu kämpfen, die, aus einer anderen Dimension kommend, die Erde überfallen. Mit ihrem alten Leben in Trümmern, muss Angelize nun in ihrer neuen, gefährlichen Umgebung bestehen.

Wir schreiben das Jahr 3394, tausend Jahre nachdem die Menschheit durch die sogenannten Gauna nahezu ausgelöscht und die Erde zerstört wurde. Ein Teil der Menschheit konnte sich jedoch auf riesigen Raumschiffen, die aus Trümmern der Erde gebaut wurden, in die Weiten des Weltalls flüchten. Eines dieser Schiffe ist die Sidonia auf dem sich über die Jahrhunderte eine eigene Zivilisation gebildet hat. Eine Zivilisation basierend auf dem Vorbild der japanischen Gesellschaft und Lebensweisen. Die Forschung auf Sidonia ermöglicht die Reproduktion durch Clonen, asexuelle Fortpflanzung und genetische Veränderungen wie z.B. die Fähigkeit der Photosynthese bei Menschen.

Die Motive der Gauna, die Menschheit zu bedrohen, liegen jedoch trotz der vielen Jahre des Konflikts immer noch im Verborgenen.

In diese Welt wird Nagate Tanikaze geboren und wuchs bei seinem Großvater versteckt im Untergrund der Stadt Sidonia auf. Gemeinsam mit seinem Großvater, übte er in einem Simulator, der für die Bedienung von mechanischen Wächtern erschaffen wurde. Als sein Großvater eines Tages stirbt, wird Tanikaze durch Zufall entdeckt. Als man ihn auf seine Kampffertigkeiten testet stellt sich heraus, dass er das Zeug zum Piloten eines echten Wächters hat und mehr noch einen besonderen Wächter älteren Modells fliegen kann. Somit ist Tanikaze quasi auserwählt sich in den Überlebenskampf gegen die Gauna an vorderster Front zu stürzen.

In einem Land, das sich nach langwierigen Kriegen nunmehr in aller Stille seinem Untergang nähert, erfüllt sich die fünfzehnjährige Kanata Sorami ihren Traum und geht zur Armee. Dort schließt sie sich einer Einheit von fünf Mädchen an, die gemeinsam eine Festung verteidigen und sich die Zeit auch damit vertreiben, Musik zu spielen, die über der entvölkerten Landschaft und dem fischlosen Meer verhallt.