Vier Jahre nach dem Desaster im Jurassic Park: Auf einer nahegelegenen Insel haben die Dinosaurier unbemerkt überlebt und können sich frei bewegen. Doch jetzt droht eine noch viel größere Gefahr - der Plan, die Dinosaurier einzufangen und auf das Festland zu bringen. John Hammond, der die Kontrolle über seine Gesellschaft "InGen" verloren hat, sieht die Chance, seine Fehler aus der Vergangenheit wiedergutzumachen und sendet eine Expedition, geleitet von Ian Malcolm, zur Insel, bevor der beauftragte Jagd-Trupp dort ankommt. Die zwei Gruppen stehen sich in extremer Gefahr gegenüber und müssen sich in einem Wettlauf gegen die Zeit zusammenschließen, um zu überleben...

John Hammond, ein reicher Unternehmer, errichtet auf einer einsamen Insel heimlich einen Erlebnispark, der für seine Gäste außergewöhnliche Attraktionen bereithält. Es ist gelungen, aus einer urzeitlichen DNA leibhaftige Dinosaurier ins Leben zu rufen. Bevor der Park für das Publikum geöffnet wird, lädt er einen führenden Paläontologen, dessen Freundin, eine Paläobotanikerin, einen berühmten Mathematiker und seine beiden wißbegierigen Enkel ein, um die besorgten Investoren zu beruhigen. Aber der Besuch seiner ersten Gäste verläuft alles andere als nach Plan. Die urzeitlichen Monster brechen aus, entziehen sich jeder Kontrolle und starten eine mörderische Jagd auf ihre Schöpfer ...

Mehr als 20 Jahre sind vergangen, seitdem die Ereignisse auf Isla Nublar aus dem Ruder liefen. Längst ist der Themenpark wieder eröffnet, größer und sicherer und mit mehr Dinosauriern denn je, so wie es sich John Hammond ursprünglich vorgestellt hatte. Weil die Besucherzahlen deutlich nach unten gehen, arbeitet Projektleiterin Claire an einer neuen Attraktion: Ein selbst geschaffener Dino-Hybrid, der sich jedoch als so gefährlich und unberechenbar erweist, dass selbst Velociraptoren vor ihm Reißaus nehmen. Doch der erfahrene Dino-Trainer Owen nimmt den Kampf mit dem unberechenbaren Biest in seine Hände!

Bei seiner Forschung über Intelligenz und Sozialverhalten von Velociraptoren bekommt der berühmte Paläontologe Dr. Alan Grant eine Einladung der reichen Eheleute Paul Kirby und dessen Frau, Amanda Kirby. Beide wünschen, dass Grant sie bei einem Rundflug über die Insel Isla Sorna, die ursprünglich als Dinosaurier Zuchtinsel genutzt wurde, begleitet. Grant willigt schwerenherzens ein, da er auf eine Finanzspende für seine weiteren Forschungen hofft. Auf der Insel während des Rundfluges setzt das Flugzeug plötzlich zur Landung an. Grant protestiert, da er um die Gefahren nur zu gut weiß, wird aber bewusstlos geschlagen.

Die Isla Nublar und ihr Park wurden zerstört, aber die Probleme sind noch nicht vorbei. Da sich die Dinosaurier auf der ganzen Welt ausgebreitet haben, führen die angespannten Beziehungen zwischen der Gegenwart und der Vergangenheit zu neuen Konflikten. Das zerbrechliche Gleichgewicht wird dabei auf die Probe gestellt und die Zukunft steht vor einer neuen Ausrichtung. Es wird ein für alle Mal entschieden, welche Spezies auf der Erde existieren soll.